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Cuando un avion se estrella despues de que un pasajero se transforma en un monstruo, el equipo Fringe sospecha de un posible contrabando de armas bioterroristas que esta vinculado con John Scott. Tambien encuentran un disco cristalino, similar a la que se ve en la mujer asesinada del episodio «The Ghost Network» en el cuerpo del hombre transformado. Si bien el caso se soluciona, Olivia descubre que John Scott estaba trabajando encubierto para la Agencia de Seguridad Nacional y que su cuerpo se encuentra en Massive Dynamic para extrear informacion. Despues de la operacion exitosa que hace Olivia para acabar con el traficante de armas, ella regresa al tanque de privacion sensorial y se despide de la conciencia de John.