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El equipo Fringe alterno sigue los pasos de los nuevos metamorfos y aquello lleva a un resucitado David Robert Jones, que sobrevivio al cruzar hacia el universo alternativo debido al borrado de Peter. Despues de ser capturado, el inicia varios ataques terroristas con el fin de ser liberado. Despues de ser liberado, desaparece para manifestarse en el universo principal con el fin de robar un extraño mineral llamado «amphilicite», solo para volver al universo alternativo y desaparecer nuevamente. A raiz de la fuga de Jones, ambos universos llegan a un acuerdo de trabajar juntos para poder derrotar a Jones y a su ejercito.