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Esta vez, la profesionalidad de Ethan Hunt ya no es puesta en duda como ocurria en la primera parte. Ahora su mision consiste en evitar que un despiadado ex-agente y ahora terrorista internacional se haga con el virus mortal que podria soltar sobre Australia, causando millones de victimas. Para evitarlo, contara otra vez con la inestimable ayuda del genio informatico Luther Stickell, que ya aparecia en la primera parte, del experto conductor Billy Baird, y la presencia de la sensual y exotica ladrona internacional Nhye, que en un pasado mantuvo una relacion sentimental con el criminal y que ahora esta enamorada de Hunt, un amor que ademas es mutuo.(Historia de Brannon Braga)