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En la pelicula veremos la "fabrica de la cigueña", anteriormente utilizada para la entrega de bebes y que ahora se ocupa de otras labores. Sin embargo, las aves se veran obligadas a regresar a su antiguo trabajo tras fabricar de manera inesperada un nuevo bebe que tendran que proteger. Junior y su amigo Tulip, el unico humano Cigueña en la montaña, se embarcaran en una aventura para evitar que su jefe se entere de su "El caso bourne".