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Enero de 2118. La inspectora jefe del Departamento de Investigacion Criminal, Akane Tsunemori, recibe un informe sobre un incidente en un navio extranjero: se ha hallado el cadaver de la profesora Milicia Stronskaya. Tras el incidente se encuentra un grupo conocido como los Peacebreakers, una organizacion paramilitar extranjera y una nueva amenaza exterior que tienen como objetivo los informes de la investigacion de la profesora, conocidos como "los Papeles de Stronskaya". Al reunirse con Shinya Kogami, un antiguo fugitivo del Departamento de Investigacion Criminal, Akane se enfrenta a un caso que no tarda en superar sus expectativas. Los Papeles de Stronskaya podrian revelar una verdad que haria tambalearse al gobierno japones, e incluso al Sistema Sibyl, hasta sus cimientos. En esta historia jamas contada se revela el eslabon perdido.