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Un grupo de cientificos ha estado trabajando en un laboratorio secreto, tratando de crear el Pokemon mas fuerte que exista. Para ello, han tomado ADN de una muestra de cabello fosilizada del legendario Pokemon Mew, utilizando el codigo genetico de la evasiva criatura para crear a Mewtwo mediante la ingenieria biologica. Ignorantes del poder de su creacion, los cientificos y sus laboratorios son destruidos por Mewtwo cuando se despierta. Airado con sus creadores, Mewtwo jura vengarse del mundo...