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Han pasado dos años desde la desesperada batalla que marco los acontecimientos de 'Godzilla minus one' Cuando la humanidad apenas empieza a recuperar la esperanza tras una paz conquistada con enorme sacrificio, una nueva y devastadora amenaza emerge para ponerlo todo en peligro.
Despues de sobrevivir a la batalla que cambio sus vidas, Shikishima y sus compañeros vuelven a unirse para enfrentarse una vez mas al devastador poder de Godzilla.