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El extraño Dr. Mafune ha sido rechazado durante años por la comunidad cientifica a causa de sus teorias sobre un monstruo que vive en las profundidades marinas. Una raza extraterrestre le obliga a emplear sus conocimientos para dirigir a un reconstruido Mechagodzilla. Pero en el camino de la destruccion de Tokio aparece Godzilla, iniciandose una lucha sin cuartel entre los monstruos.... Los aliens reconstruyen a Mechagodzilla con la ayuda de un cientifico demente, quien ha descubierto una criatura llamada Titanosaurus, con la que formar equipo para derrotar a Godzilla.