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Despues de los Especiales de Navidad y Primavera, el amor de Naru Narusegawa por Keitaro Urashima se ve inminente. Pero tras el ingreso de ambos en la Universidad de Tokio (Tōdai), Keitaro no puede asistir a clases, ya que en su primer dia de clases, se fracturo el pie despues de un puñetazo de Naru, que lo envio al techo de la universidad, pero parte de la estructura se le cayo encima.
En el intervalo de su recuperacion, Keitaro debe ir a su casa a explicar su aprobado en la Tōdai. Entre tanto descubre su vocacion por la arqueologia, por lo que se va de la residencia Hinatasou junto con el profesor Seta a realizar excavaciones a lo largo del mundo. Durante su ausencia, los estragos de la posada son gracias al misterio que se produce con la llegada de la hermana menor (y adoptada) de Keitaro, Kanako.