Abandonados en la lejana costa de Madagascar, nuestros neoyorquinos animales, Alex el león, Marty la cebra, Melman la jirafa, Gloria la hipopótamo, el rey Julien, Maurice y los pingüinos, han concebido un plan tan alocado que posiblemente funcionará. Con precisión militar, los pingüinos han reparado, más o menos, un antiguo avión averiado. Una vez en el aire, esta inverosímil tripulación se mantiene volando el tiempo justo para llegar al lugar más salvaje de todos: las inmensas llanuras de África. Mientras indagan en sus raíces, pronto se dan cuenta de las diferencias entre la selva de asfalto y el corazón de África.