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La victoria del almirante Kirk sobre Khan y la creacion del planeta Genesis son triunfos inutiles. Spock ha muerto y McCoy, inexplicablemente, se ha vuelto loco. Una visita de Sarek, el padre de Spock, revela algo sobrecogedor: McCoy esta albergando en su cuerpo la esencia vital de Spock. Kirk trata de ayudar a sus amigos, secuestra el Enterprise y desafia la cuarentena impuesta por la Flota Estelar en Genesis. Pero los Klingon tambien descubren la existencia de Genesis y van al encuentro de Kirk en una cita que podria ser mortal.