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En su nueva y misteriosa aventura, Scooby y el resto de la banda de Mystery Inc. se enfrentan a un anonimo y malvado enmascarado que esta tramando invadir la ciudad de Coolsville provocando el caos con una maquina monstruosa que crea enemigos clasicos de Mystery Inc. como El Fantasma del Pterodactilo, El Fantasma del Caballero Negro y El Fantasma de los 10.000 Voltios. Entretanto, las habilidades detectivescas de la banda son examinadas muy de cerca por la implacable reportera Heather JasperHowe (Alicia silverstone), ayudada por el conservador del museo Patrick Wisely (Seth green) y burlada por el malvado Jeremiah Wickles (Peter boyle).... Un misterioso villano enmascarado planea hacerse con el conrol de la ciudad de Coolsville. Para ello utiliza la Maquina Monstruosa, un aparato que materializa a terribles espectors y seres horribles. Investigando el caso, llegan Scooby-Doo, Shaggy, Fred, Dpahne y Velma.